飛魚乾一般吃法以油煎、火烤為主。吃的時候再淋上檸檬汁去腥；煮湯的話，可以加上醃酸筍或醃蘿蔔，來壓制腥味。飛魚常受到驚嚇，加上會飛的緣故，所以飛魚的肉質特別緊實，而且沒有油脂，吃起來較有韌度。